Oddělení spolupracuje s řadou zahraničních i domácích institucí i jednotlivců, je zapojeno do evropských projektů COST (v současnosti Print Culture and Public Spheres in Central Europe 1500–1800), organizuje pobyty zahraničních vědců a účastní se mobilitních programů. Součástí činnosti oddělení je organizace přednášek zahraničních i domácích hostů, k tomu viz především Akce. V rámci spolupráce s domácími institucemi udržuje oddělení spolupráci především s komeniologickými institucemi, jakou jsou muzea v Praze, Uherském Brodě a Přerově, ale v rámci projektů spolupracujeme i s řadou akademických ústavů třetího vědního oboru a humanisticky orientovanými univerzitními pracovišti.

Přehled zahraniční spolupráce

Alanus Hochschule Alfter, BRD

Comenius Museum Naarden, Netherlands

Deutsche Comenius Gesellschaft, BRD

École Pratique des Hautes Études de Paris, France

Eesti Teaduste Akadeemia Underi ja Tuglase Kirjanduskeskus (Under and Tuglas Literature Centre of the Estonian Academy of Sciences), Estonia

Facultad de Filosofía y Letras Universidad de las Islas Baleares, España

Instytut Filozofii a Socjologii Polskiej Akademii Nauk, Warszawa, Polska

Universidad Pedagógica Nacional, Bogotá, Colombia

University of Groningen, Netherlands

University of Oxford, UK

Uniwersytet w Siedlcach, Siedlce, Polsko

Warburg Institute, University of London, UK

Přehled spolupráce v ČR

Centrum pro práci s renesančními texty, Filozofická fakulta Univerzity Palackého v Olomouci

Evangelická teologická fakulta UK, Praha

Fakulta humanitních studií UK, Praha

Historický ústav AV ČR, Praha

Husitská teologická fakulta UK, Praha

Katedra filosofie a religionistiky, Teologická fakulta Jihočeské Univerzity, České Budějovice

Katedra filosofie a religionistiky, Filozofická fakulta Univerzity Pardubice, Pardubice

Katolická teologická fakulta UK, Praha

Knihovna AV ČR, Praha

Knihovna Národního muzea v Praze, Praha

Masarykův ústav a Archiv AV ČR, Praha

Muzeum J. A. Komenského v Uherském Brodě, Uherský Brod

Muzeum Komenského v Přerově, Přerov

Národní pedagogické muzeum a knihovna J. A. Komenského v Praze, Praha

Památník národního písemnictví – Muzeum české literatury, Praha

Pedagogická fakulta UK, Praha

Ústav české literatury a komparatistiky, Filosofická fakulta UK, Praha

Ústav pro českou literaturu AV ČR, Praha

Ústav pro jazyk český AV ČR, Praha

Spolupráce v rámci Filosofického ústavu AV ČR

Oddělení pro studium antického a středověkého myšlení

Centrum medievistických studií

Kabinet pro klasická studia

Archiv Jana Patočky