1. Scriptorum catalogus (Epistula ad Montanum) – Problemata miscellanea – Sylloge quaestionum controversarum – Theatrum universitatis rerum, to jest Divadlo světa – Z druhého dílu Amphitheatrum knihy sedmé – O vycházení a zapadání přednějších hvězd oblohy osmé – Moraviae nova delineatio – Adagiorum Bohemicorum farrago. Moudrost starých Čechů
   VYDÁNO
   
   
2. Retuňk proti Antikristu a svodum jeho – Haggaeus redivivus
   VYDÁNO
   
   
3. Truchlivý – Truchlivého druhý díl – Truchlivého třetí díl, Řvání hrdličky – Truchlivého díl čtvrtý, Smutný hlas – Listové do nebe – Přemyšlování o dokonalosti křesťanské – Nedobytedlný hrad, jméno Hospodinovo – Labyrint světa a ráj srdce – Pres boží – O sirobě – Centrum securitatis, to jest Hlubina bezpečnosti – Renuntiatio mundi, to jest Výhost světu – Bazuine des genaden jaar – Kšaft umírající matky, Jednoty bratrské
   VYDÁNO
   
   
4. Zpráva a naučení o kazatelství – O poezi české – Dionysii Catonis Disticha moralia. Moudrého Catona Mravná poučování – Přídavek Distichů – Žalmy – Nové písně některé – Žehnání kněze Jana Cyrilla – Písnička ku pohřbu kněze Pavla Fabricia – Veršované modlitby z Přídavků k Praxi pietatis – Písničky tři z německého jazyku na česko přeložené – Modlitba plačtivá – Rytm k doufání – Spi, mé milé poupě – O mi pulle – Svět jest kolo ... – Jak moudrý váží ... – De metris poesi Bohemorum convenientibus adnotatiuncula Ecloga IV. – Carmina per occasionem scripta. Básně příležitostné
   VYDÁNO
   
   
5. Annotata. Rada k opravě kancionálu – Kancionál – předmluva ke Kirchen-, Haus- und Herzens-Musica
   
   
6. Svědectví podlé povědomosti a pravdy dané paní Esteře Sádovské – Historia o umučení, smrti, pohřbu i vzkříšení Ježíše Krista – Harmonia historie o vzkříšení Páně – Exhortatio ad juventutem in synodo Ostrorogensi – Kázaní XXI, O tajemstvích smrti, vzkříšení a na nebe vstoupení Krista – Spiegel guter Obrigkeit – Concio synodalis de ministris – Kázaní pohřební nad knězem Pavlem Fabriciem – O vymítání ďábelství – Boj s Bohem modlitbami – Modlitba kající – Enoch, to jest O stálém lidí Bohu oddaných s Bohem chození – Matuzalém, to jest O daru dlouhověkosti – Kázání vánoční – koncept kázání při ordinování Davida Prüfera
   
   
7. Praxis pietatis, to jest O cvičení se v pobožnosti pravé (překlad spisu L. Baylyho)
   
   
8. Otázky některé o Jednotě bratří českých – Kurzer Bericht von der Pestilenz – Zpráva kratičká o morním nakažení – Na spis proti Jednotě bratrské od Samuela Martinia sepsaný ohlášení – Cesta pokoje – Die uralte christliche Religion – Confessio aneb Počet z víry – Navržení o pravdivém všech věřících s Kristem sjednocení – De bono unitatis et ordinis (obsahuje: Ecclesiae Anglicanae salutem in Domino – Ecclesiae Slavonicae brevis historiola – Ratio disciplinae ordinisque ecclesiastici in Unitate fratrum Bohemorum – Ad rationem ordinis et disciplinae annotata quaedam – Paraenesis ad ecclesias, nominatim Anglicanam)
9. 1. Historia profana sive politica – Historia o těžkých protivenstvích církve české s připojením Historie o persekucí Valdenských roku 1655 stalé – Historia persecutionum ecclesiae Bohemicae
      VYDÁNO
   2. Johannis Lasitii De ecclesiastica disciplina moribusque et institutis Fratrum Bohemorum. Cum admonitionibus Joh. A. Comenii – K navrácení se ná první opuštěnou lásku Jednoty bratrské ostatkům napomenutí (Historie Lasického) – Lesnae excidium – Serenissimo Svecorum regi Carolo Gustavo votiva acclamatio
      VYDÁNO
      
      
10. 1. Manualník aneb Jádro celé Biblí svaté
    2. Janua sive Introductorium in Biblia sacra – Novi Testamenti epitome – Bibliorum Turcicorum dedicatio – De Turcica Novi Testamenti versione Anglica annotatio
11. Paradisus ecclesiae renascentis, Ráj cirkve znovu se rozzelenávající – Didactica, to jest Umění umělého vyučování – Informatorium školy mateřské – Informatorium maternum, der Mutterschul – Navržení krátké o obnovení škol v Království českém – Dvéře jazyků odevřené – Diogenes Cynicus redivivus – Abrahamus patriarcha
    VYDÁNO
    
    
12. Geometria (obsahuje: Geometria theoretica – Secunda pars Geometriae Geodesia dicta) – Cosmographiae kompendium (obsahuje: De astronomia – Medulla geographiae) – Physicae synopsis – Ad Physicam addenda – Disquisitiones de caloris et frigoris natura – Cartesius a mechanicis eversus – De arte spontanei motus relatio – De motu perpetuo seriptorum fragmenta
    VYDÁNO
    
    
13. Sermo secretus – Sermo secretior (secundus) – Gentis felicitas – Panegyricus Carolo Gustavo – Letzte Posaun über Deutschland – Syllogismus orbis terrarum practicus – Angelus pacis ad legatos pacis Bredam missus – Faber fortunae sive Ars consulendi sibiipsi (2 verze) – Regulae vitae – Fortii Erasmique libellis praemissa Epistula dedicatoria – Appendix Vestibuli (obsahuje: Sacra exercitia tironum – Puerilis ethica – Praegustus variae eruditionis)
    VYDÁNO
    
    
14. Janua rerum sive Totius pansophiae seminarium – Pansophiae Christianae liber III – Ad amicos Lesnae in Polonia agentes – Consultationis brevissima delineatio – Ad excitanda publice veritatis et pacis studia elaborandorum operum catalogus – Studii pansophici in Anglia fautoribus – Janua rerum reserata (zlomek) – Pansophiae diatyposis (obsahuje: Templi sapientiae ichnographia – Templi pansophici delineatio orthographica – De scenographia operis pansophici admonitio) – Templi pansophici delineatio scenographica – Scenographiae pansophicae pars II, quae portae scíentiarum metaphysicae delineationem exhibet – Via lucis
    VYDÁNO
    
    
15. Opera didactica omnia:
    1. Urbi eminentissimae Amsterdamo omnem prosperitatem – Lectoribus piis et prudentibus salutem
Didacticorum operum pars prima (1627–1642):
Lectores Christiani, salvete per Christum – Didactica magna – Haec ita tum primo concepta... – Schola infantiae – Scholae vernaculae delineatio – Janua lingvarum reserata – Januae lingvarum reseratae vestibulum – De astruendo Comenianae Januae Latinitatis templo (D. Vechneri) epistola – De sermonis Latini studio didactica dissertatio
       VYDÁNO
    2. Pansophiae praeludium (Prodromus) – Conatuum pansophicorum dilucidatio
Didacticorum operum pars II (1642–1650):
De novis studia didactica continuandi occasionibus – Novissima lingvarum methodus
       VYDÁNO
    3. Vestibulum Latinae lingvae. Vortür der lateinischen Sprache (ukázka) – Latinae lingvae Janua reserata. Die offene Tür der lateinischen Sprach (ukázka) – Januae lingvarum novissimae clavis, Grammatica Latino-vernacula – Annotationes super Grammaticam novam janualem – De Lexico januali Latino-Germanico – De Atrio Latinitatis – Judicia novaeque disquisitiones – Petri Colbovii Sendeschreiben an den wohlehrwürdigen Herren Johannem Amosum Comenium
Didacticorum operum pars III (1650–1654):
De vocatione in Hungariam brevis narratiuncula – Illustris Patakinae scholae idea – Haec sic Principibus exhibita ... – Schola pansophica (obsahuje: dedikace Zsigmondu Rákóczimu – Scholae pansophicae delineatio – Scholae pansophicae pars II, septem ejus classium descriptionem continens specialem – De schola sic ordinata deliberatio – Deliberatio de Latio a Tyberi ad Bodrocum transferendo) – De repertis studii pansophici obicibus (Agenda Patakina) – Primitiae laborum scholasticorum (obsahuje: dedikace Z. Rákóczimu – De cultura ingeniorum oratio – De primario ingenia colendi instrumento, libris, oratio – De reperta ad authores Latinos via, schola Latina)
       VYDÁNO
    4. Eruditionis scholasticae pars prima, Vestibulum obsahuje: dedikace S. Tolnaiovi – Vestibulum lingvarum – Rudimenta grammaticae – Repertorium vestibulare sive Lexici Latini rudimentum – De instituendis e Latinae lingvae Vestibulo exercitiis commonefactio) – Eruditionis scholasticae pars II, Janua (obsahuje: dedikace P. Kapossimu – Sylva Latinae lingvae sive Lexicon januale – Grammatica janualis – Janualis rerum et verborum contextus)
       VYDÁNO
    5. Eruditionis scholasticae pars III, Atrium (obsahuje: dedikace J. Ecsedimu – Ars ornatoria sive Grammatica elegans – Latinae lingvae atrium) – De studii pansophici impedimentis – Laborum scholasticorum continuatio (obsahuje: dedikace A. Klobusiczkému – Methodi verae encomia – De utilitate accuratae rerum nomenclaturae oratiuncula – De eleganti elegantiarum studio oratiuncula) – Fortius redivivus sive De pellenda scholis ignavia – Praecepta morum – Leges scholár bene ordinatae – Orbis sensualium pictus, Lucidarium (ukázka)
       
    6. Schola ludus – Laborum scholasticorum coronis – Lexici Latino-Latini mentio – Animae sanctae beatum satellitium – Genealogicum
Didacticorum operum pars IV (amsterdamské práce):
Nobilissimae gentis et mentis viro Laurentio de Geer salutem – Vita gyrus sive De occasionum varietate – Parvulis parvulus, omnibus omnia, hoc est Vestibuli Latinae lingvae auctarium – Pro Latinitate Januae lingvarum apologia – Ventilabrum sapientiae – E scholasticis labyrinthis exitus in planum – Latium redivivum – Typographeum vivum – Paradisus juventuti Christianae reducendus – Traditio lampadis – Paralipomena didactica – Magnificis Nobilissimisque viris ... – Didacticae idea ex arcanis aeternis
16. 1. Grammatica Latina – Janua lingvarum reserata (1. verze) – Latinae lingvae Janua reserata (ad leges Methodi lingvarum novissimae). Die offene Tür der lateinischen Sprach – Janua lingvarum reserata pro compendiose lingva Latina cum rebus docenda – Vestibulum Latinae lingvae (ad leges Methodi lingvarum novissimae concinnatum). Vortür der lateinischen Sprache. Latinského jazyka předsíní – Stammwörter der deutschen Sprach – Comenianae lingvarum methodi synopsis
    2. Lexicon januale (Latino-Germanicum)
    3. Lexicon atriale Latino-Latinum
       
       
17. Artificii legendi et scribendi tirocinium – Vestibuli et Januae lingvarum lucidarium – Orbis sensualium pictus. Die sichtbare Welt
    VYDÁNO
    
    
18. Prima philosophia – Judicium de P. Serarii Responsione ad Exercitationem paradoxam anonymi cujusdam – Unum necessarium – Janua rerum reserata – Sapientiae primae usus Triertium catholicum appellandus
    VYDÁNO
    
    
19. De rerum humanarum emendatione consultatio catholica:
    1. Europae lumina, salvete – Panegersia – Panaugia
       VYDÁNO
    2. Pansophia (1. část)
       VYDÁNO
    3. Pansophia (2. část)
    4. Pampaedia – Panglottia
    5. Panorthosia – Pannuthesia
    6. Liber librorum ceu Bibliotheca portatilis, hoc est Lexicon reale pansophicum
       
       
20. Auf den kurtzen Bericht von der Frage, ob der Herr Jesus sich selbst aus eigner Kraft von der Toten auferwecket habe, Antwort – De quaestione, utrum Dominus Jesus propria virtute a mortuis resurrexerit, responsum – Independentia, eaternarum confusionum origo – De regula fidei judicium duplex (obsahuje: De dissidentium in rebus fidei Christianorum reconciliatione hypomnemata quaedam – Judicium de judicio Valeriani Magni super catholicorum et acatholicorum credendi regula sive Absurditatum echo – Judicium Ulrici Neufeldii de fidei catholicae regula catholica ejusque catholico usu) – Excerpta ex Paraclesi Erasmi et Melanchthonis Hypotheseos – De legitima in ecclesiis evangelicis pastorum missione dissertatio – De colloquii Thorunensis apparatu cogitationes quaedam – De controversia circa ritum acceptionis in Sacra coena Panis et Calicis judicium – Vindicatio famae et conscientiae Johannis Comenii a calumniis Nicolai Arnoldi
    
    
21. De Christianorum uno Deo – De irenico irenicorum admonitio – (Oculus fidei) Theologia naturalis sive Liber creaturarum (úprava spisu R. de Sabunde) – De iterato Sociniáni irenico iterata ad Christianos admonitio – Socinismi speculum – Admonitio tertia. I. Ad D. Zwickerum. II. Ad Christianos – A dextris et sinistris – De zelo sine scientia et charitate admonitio fraterna – O horlivosti bez umění a lásky napomenutí bratrské – Continuatio admonitionis fraternae
    
    
22. 
    
    
23. Clamores Eliae
    VYDÁNO
    
    
24. Vidění a zjevení Krištofa Kottera – Vidění panny Kristiny Panatovské – Lux in tenebris – De Principis Transylvaniae ruina – Historia revelationum Christophori Kotteri, Christinae Poniatoviae, Nicolai Drabicii – Revelationum divinarum epitome – Continuatio Historiae revelationum Nicolai Drabicii – Lux e tenebris novis radiis aucta – Drabicianarum visionum continuatio – Voluminis prophetici dimissio – Visiones nocturnae Stephani Melisch – Nächtliche Gesichte Stephani Melisch – Fortsetzung der Nächtlichen Gesichte S. M. – Boj Michala a anjelů jeho s drakem a anjely jeho
    
    
25. Retuňk duchovní věrným a mnohými pokušeními zemdleným křesťanům – Antidotum apostasiae – Palinodia apostasiae. Příklad odvolání odpadlství – Instructio profecturis in Lithvaniam – Centum dialogi pansophiae – Leges illustris gymnasii Lesnensis – Přemyšlování o duchovní radosti věrných a pravých křesťanů – Spicilegium didacticum
    
    
26. Deníky, korespondence, archívní materiály
    1. Část I, 1628–1638
       VYDÁNO
    2. Část II, 1639–1641
       VYDÁNO
       
       
27. Rejstříky k celé edici J. A. Comenii Opera omnia – Dílo J. A. Komenského